水線消毒能夠殺滅水線中大量積聚的病原菌以及前期飲水加藥的藥物沉淀，保證新進豬群的飲水健康和飲水系統的通暢。因此，每批豬清空后，應對飲水系統進行徹底的清洗和消毒。
1.水線消毒時間
消毒時間：育肥棟舍精洗后，棟舍消毒前；
2.水線消毒流程
1）檢查所有飲水器，無漏水可正常使用；關閉主水閥將豬舍末端水管的水以及逐個按壓飲水器將水管的水全部放空；
2）飲水加藥器調整為2%，加藥器進水端直接放入到過氧乙酸原液；打開主水閥，從水線前端到水線后端逐個按壓飲水器，將所有水管全部充滿消毒水。
3） 靜置24小時，使用管棒敲擊水線；然后在豬舍末端的水管放出消毒水，以及逐個按壓飲水器將水管的消毒水全部放空后關閉閥門；
4）打開主水閥使主管道水快速流動，將末端軟管打開快速放水沖刷主管道；兩次沖刷，每次間隔2-3分鐘；沖洗結束后將飲水器下方污濁物沖刷干凈；然后將飲水器拆卸浸泡消毒；
3.注意事項：
1）如使用其他消毒劑，按照消毒配比操作，場線主管按實際測量數據計算；
2）消毒和消毒后清洗一定要將飲水器逐一放出內部空氣；
3）損壞的飲水器及時更換；